Depuis 2284, le docteur Carol Marcus (ex-femme de Kirk)
et David Marcus (fils de Kirk) travaillent sur le projet Genesis, capable
de créer une planète habitable à partir d'une planète
inhabitée. Pour cela, elle dépêche le vaisseau
USS
Reliant pour chercher une planète inhabitée. En 2285, au
cours de cette recherche, l'
USS Reliant explore la planète Ceti
Alpha V, où Kirk avait débarqué Khan et son équipage
19 ans auparavant ("cf
"Les
derniers tyrans"). En effet, un bouleversement dans le système
Ceti Alpha a modifié l'orbite de Ceti Alpha V, rendant la planète
désertique. La femme de Khan et la plupart des membres d'équipage
du
Botany Bay a disparu. Pour Khan, Kirk est coupable de les avoir
abandonné, puis "oublié". Reconnaissant Chekov, Khan décide
de se venger de Kirk en l'attirant dans un piège. Pour cela, il prend
le contrôle du
Reliant et se sert de Chekov et de Carol Marcus
comme appâts. Pendant ce temps, l'amiral Kirk conduit une mission d'inspection
des cadets de l'Académie et de l'
Enterprise pendant une mission
d'entraînement de celui-ci. Au cours de cette mission, l'
Enterprise
reçoit un message Starfleet lui donnant l'ordre d'enquêter sur
la perte soudaine de communications avec la station Genesis et l'
USS Reliant.
Lorsque l'
Enterprise localise le
Reliant, ce dernier refuse
de répondre aux appels. A portée de tir, il ouvre le feu au
phaseur sur l'
Enterprise. Gravement touché, l'
Enterprise
reçoit enfin une communication du
Reliant : Khan donne une minute
à Kirk avant de détruire le vaisseau. Pendant cette minute,
Scotty trouve le code de désactivation des boucliers du
Reliant
et ouvre le feu. Le
Reliant étant gravement touché, Khan
ne peut empêcher l'
Enterprise de Kirk de s'échapper.
L'équipage retrouve Chekov sur la station Genesis. De là Kirk
et Saavik se téléportent dans une caverne à l'intérieur
de la planète Genesis et ils y retrouvent Carol et David. Malheureusement,
graâce à un organisme implanté dans le cerveau de Chekov,
Khan oblige ce dernier à lui téléporter le dispositif
Genesis. Dans le même temps, Scotty a terminé de réparer
les plus gros dégâts de l'
Enterprise qui peut repartir
en chasse pour trouver Khan. Le combat se déroule dans une nébuleuse
où aucun des deux vaisseaux ne peut se servir de ses senseurs. Finalement
Kirk a le dessus et en désespoir de cause, Khan utilise le dispositif
Genesis comme une gigantesque bombe. L'
Enterprise s'éloigne
mais trop lentement jusqu'à ce que Spock se sacrifie en exécutant
une manoeuvre désespérée dans la salle des machines.
Alors que l'
Enterprise parvient à échapper aux effets
du dispositif Genesis, Spock meurt, brûlé par les radiations.
Auparavant, il a eu le temps de transférer son Katra (esprit) dans
Mc Coy. Son corps est envoyé dans l'espace, et atterrit sur la planète
Genesis qui est en train de se transformer en un monde habitable.
