En 2373, le capitaine Picard et son équipage patrouillent
à bord du nouvel Enterprise, vaisseau de la classe "Souverain", immatriculé
NCC-1701-E. Jean-Luc Picard est dans ces quartiers et fait un cauchemard dans
lequel il est de nouveau Locutus (cf épisode
"Best
of Both Worlds"(TNG)). Il est réveillé par l'arrivé
d'un message prioritaire de Starfleet. Il pressent alors que le lien qui l'unissait
jadis aux Borgs n'a jamais été totalement rompu et que les Borgs
menacent à nouveau la Fédération. Le message est envoyé
par l'amiral Hayes qui lui annonce que les Borgs sont de retour et se dirigent
droit sur la Terre. Starfleet a rassemblé une flotte de vaisseaux commandée
par l'amiral Hayes dans le secteur Typhon. Parmi les vaisseaux engagés,
se trouvent l'
USS Bozeman, l'
USS Endeavour et l'
USS Defiant,
commandé par Worf, revenu spécialement de Deep Space Nine (cf
quatrième
saison de Deep Space Nine). A cause du lien particulier qui a jadis uni
Picard aux Borgs, l'amiral Hayes décide de tenir l'
Enterprise-E
éloigné de la bataille. Alors que la bataille tourne mal pour
la Fédération, Picard décide de passer outre et lance
son vaisseau dans la bataille. Le vaisseau Borg est finalement détruit
mais lance, avant d'exploser, une sphère temporelle sur la Terre permettant
à un petit vaisseau Borg d'arriver sur Terre le 6 avril 2063. Sans
hesiter, Picard lance l'
Enterprise-E dans le vortex temporel, à
la poursuite des Borgs.
Arrivés sur place l'
Enterprise-E détruit le vaisseau
Borg non sans remarquer que celui-ci avait pris pour cible et endommagé
un silo de missile nucléaire dans le Montana. Soudain, l'équipage
fait la relation entre la date et le lieu: les Borgs visaient le silo dans
lequel Zefram Cochrane construisait son premier prototype équipé
d'un système de propulsion Warp: le
Phoenix. Le 7 avril 2063,
Zefram Cochrane devait lancer son vaisseau et ainsi attirer l'attention d'un
vaisseau Vulcain, établissant le Premier Contact avec une race extra-terrestre,
première étape de la construction de la Fédération.
En empêchant ce contact, les Borgs auraient définitivement changé
le cours de l'histoire.
Les officiers de l'
Enterprise-E se scindent alors en deux groupes:
Riker, Troi et Geordi se téléportent sur Terre pour aider Zefram
Cochrane à remettre le
Phoenix en état tandis que Picard,
Crusher, Data et Worf tentent d'arrêter les Borgs qui se sont introduits
à bord de l'
Enterprise-E et qui sont en train de le convertir
en un vaisseau Borg, assimilant le vaisseau et son équipage. Tout l'équipage
est mobilisé, y compris le Médecin Holographique de Secours:
le docteur Zimmerman (cf
"Star
Trek: Voyager").
Lily, l'assistante de Zefram est transportée à bord de l'
Enterprise-E
pour y être soignée et, paniquée, elle prend Picard en
otage. Lorsqu'elle découvre qu'elle est dans un vaisseau en orbite
et que les Borgs sont des ennemis redoutables, elle finit par faire confiance
à Picard. Ils rejoignent le Dr Crusher, Data et Worf sur la passerelle.
Leur premier travail est d'empêcher les Borgs de modifier le déflecteur
principal dans le but de contacter le Quadrant Delta (où résident
les Borgs). Mais une fois cela accompli, les Borgs accélèrent
encore leur travail d'assimilation du vaisseau. Ils sont dans l'impossibilité
de détourner les systèmes du vaisseau car Data a encrypté
tous les accès. Au cours d'une opération, les Borgs parviennent
à capturer Data. La Reine Borg lui demande les codes de cryptage et
pour mieux le convaincre, réactive sa puce émotionelle. Elle
a également une surprise : les Borgs ont développé une
peau synthétique permettant de donner à Data des sensations
humaines.
Picard, de son côté continue à combattre les Borgs, mais
ceux-ci gagnent du terrain. Worf et Crusher tentent de le convaincre d'évacuer
le vaisseau et de le détruire, mais Picard refuse, aveuglé par
sa haine des Borgs. Lily lui fait prendre conscience que son acharnement risque
de tuer tout l'équipage et de livrer l'
Enterprise-E aux Borgs.
Elle le compare au Capitaine Achab de Moby Dick. Picard reprend alors ses
esprits : il ordonne l'évacuation du vaisseau et lance le compte à
rebours de l'autodestruction. Il reste seul à bord pour tenter de sauver
Data.
Sur Terre, les travaux avancent vite mais étonnamment, le prinipal
obstacle est Zefram lui-même : effrayé de devenir une légende
vivante, il avoue ses véritables motifs. La construction du
Phoenix
n'avait pas pour but de "lancer l'humanité vers les étoiles",
mais il voulait simplement vendre son invention et gagner beaucoup d'argent.
Geordi, Troi et Riker parviennent pourtant à le convaincre d'effectuer
son premier vol historique. A l'heure prévue, le
Phoenix quitte
le silo et se lance vers l'espace.
A bord de l'
Enterprise-E, Picard est capturé et emmené
devant la Reine Borg. Elle lui propose de redevenir Locutus : plus qu'un drone,
il aurait l'indépendance de pensée d'un humain et toutes les
connaissances des Borgs. Data, de son côté, accepte le marché
de la Reine et réactive les systèmes du vaisseau. La Reine lui
ordonne de tirer sur le
Phoenix, qui passe à proximité
du vaisseau. Data obéit et tire. Les torpilles se dirigent vers le
Phoenix ... et manquent leur cible. La Reine comprend trop tard que Data n'a
pas trahi Picard, au moment où Data brise un conduit de refroidissement
du noyau de distorsion et met Picard à l'abri. Le fluide, qui détruit
toute matière organique, ronge et tue la Reine et tous les borgs de
la salle des machines.
Pendant ce temps, le Phoenix accomplit son premier passage en Warp, sous les
applaudissements de Geordi et Riker.
Quelques jours plus tard, l'
Enterprise a récupéré
son équipage et est allé se cacher hors de portée des
senseurs du premier vaisseau Vulcain qui se dirige vers la Terre et y atterrit.
Les officiers supérieurs assiste au Premier Contact entre les Vulcains
et Zefram Cochrane, puis repartent vers le 24
ème siècle