En 2285-2286, au cours de leur mission de sauvetage sur
Genesis, l'
Enterprise a été détruit: c'est donc
avec un vaisseau Klingon volé que Kirk, Spock, Mc Coy, Sulu, Uhura,
Chekov et Saavik sont revenus sur Vulcain. Ils doivent alors décider
de revenir sur Terre pour être traduits en court martiale. Tous acceptent
de revenir, sauf Saavik (non accusée), qui reste sur Vulcain.
Sur Terre la réunion du conseil sur les actes "terroristes" de Kirk
(selon l'ambassadeur Klingon) est interrompue par un rapport alarmant: une
immense sonde automatique se dirige vers la Terre et désactive tout
vaisseau ou base à proximité desquels elle passe. Arrivée
en orbite autour de la Terre, elle dirige des impulsions vers la mer, provoquant
des cataclysmes naturels. La Terre se déclare "zone dangereuse" et
interdit aux vaisseaux de s'approcher.
A bord du vaisseau Klingon volé, Kirk et son équipage reçoivent
l'avertissement et Spock détermine que la Sonde tente de communiquer
avec des baleines dont la race est éteinte depuis la fin du 20è
siècle sur Terre. Seule solution: retourner en 1984 pour en ramener
une ou plusieurs. Pour voyager dans le passé, Spock préconise
d'utiliser "l'effet de fronde" déjà utilisé par Kirk et
l'Enterprise en 2268 (cf épisode
"Mission
: Terre"). Kirk et son équipage arrive finalement à bon
port : Los Angeles en 1984. Malheureusement, l'Oiseau de Proie volé
n'a pas la fiabilité et la puissance d'un vaisseau de classe Constitution
et après un voyage mouvementé, les cristaux de dilithium du
moteur de distorsion du vaisseau sont désactivé. Kirk et son
équipage ont donc une nouvelle mission : trouver une émission
de particules suffisamment puissante pour en récupérer et réparer
les cristaux, sinon, ils sont bloqués en 1984. Les membres d'équipages
se séparent : Kirk et Spock trouvent un couple de baleines à
l'Institut des Cétacés et prennent contact avec le Dr Gillian
Taylor, Scotty et Mc Coy sont chargés de se faire passer pour des ingénieurs
et fournissent la formule de fabrication d'un plastique ultra résistant
à un grand groupe industriel. En échange, le groupe leur fournit
des plaques de ce plastique, essentielles pour créer un immense aquarium
dans les soutes de l'Oiseau de Proie pour accueillir les baleines. Sulu se
rend sur un héliport afin de louer un hélicoptère qui
transportera les plaques. La mission la plus périlleuse revient à
Uhura et Chekov : pour récupérer les particules, ils doivent
s'introduire à bord d'un porte-avion nucléaire (l'USS Enterprise
!) et accéder au réacteur. Malheureusement, une fois la récupération
terminée, les interférences empêchent Uhura et Sulu de
se faire téléporter hors du bateau. Chekov reste bloqué
et avec son accent russe, la situation est grave. En tentant de s'échapper,
il a un accident grave.
De leur côté, Spock et Kirk ont trouvé les baleines et
ont noué le contact avec la responsable des baleines. Avec son aide,
Kirk et Mc Coy montent une opération de sauvetage pour récupérer
Chekov à l'hôpital. Les plaques de plexiglass sont terminées
et Sulu les livre avec l'hélicoptère.
Alors que tout semble se dérouler parfaitement, le Dr Gillian Taylor
apprend que les baleines dont elle avait la responsabilité ont été
relâchées en son absence, à son insu. Désespéré,
elle retrouve Kirk qui lui avait parlé de sa volonté d'emmener
les baleines "vers un lieu où elles seraient en sécurité".
Elle découvre alors l'existence de Oiseau de Proie camouflé
et décide partir avec Kirk et les autres, où qu'ils aillent
à condition qu'elle reste avec les baleines. Grâce aux renseignements
fournis par Gillian Kirk localise les baleines et les téléporte
à bord du vaisseau. Après un nouveau voyage dans le temps mouvementé,
le vaisseau s'écrase dans la mer, victime des émissions de la
sonde cétacée. Kirk libère les deux baleines qui peuvent
répondre à la sonde. Ayant reçu sa réponse, la
sonde s'éloigne. Kirk et son équipage ont sauvé la Terre.
En remerciement, le Conseil de la Fédération a levé toutes
les charges pour tous les membres d'équipage sauf Kirk: une seule charge
est retenue contre lui (sur les 9 initiales). Il se retrouve donc dégradé
au rang de Capitaine et se voit confier le commandement d'un nouveau vaisseau:
l'
USS Enterprise-A.